يتكوّن مجلس الإدارة من نخبة من أصحاب القرار والخبرات من الدول الأعضاء، ويتولى مسؤولية التوجيه الاستراتيجي والإشراف العام على أعمال الاتحاد، واعتماد البرامج والمبادرات ذات الأولوية، ومتابعة تنفيذ الخطط المعتمدة.

وقد تم اعتماد تشكيل المجلس للدورة الحالية خلال اجتماع الجمعية العمومية الذي عُقد في القاهرة في ديسمبر 2023، بحضور ممثلين عن عدد من الدول العربية، وذلك في إطار تعزيز الحوكمة المؤسسية للاتحاد، ومواكبة التطورات الاستراتيجية المقبلة.